Św. Małgorzata urodziła się w 1247 r. w Laviano we Włoszech. Była córką ubogich, lecz bardzo pobożnych ziemian w Toskanii, dlatego też od dziecka wiodła życie bardzo pobożne. W siódmym roku życia Małgorzata straciła matkę. Ojciec jej powtórnie się ożenił, ale macocha nie lubiła swojej pasierbicy i traktowała ją bardzo źle. Może dlatego Małgorzata powoli odwróciła się od praktyk religijnych, których nauczyła ją matka i zaczęła stroić się, dbać o swoją urodę, wreszcie wieść coraz bardziej świeckie i – co tu ukrywać – puste życie.

Małgorzata wyróżniała się urzekającą urodą. Wielu okolicznych kawalerów ubiegało się o jej rękę, ale Małgorzatę zauroczył bogaty właściciel majątku w Montepulciano, Arseniusz. Nie powiódł jej jednak do ołtarza: Małgorzata opuściła dom ojca i została konkubiną młodzieńca, któremu w niedługim czasie urodziła syna. Żyła z nim tak 9 lat, ku zgorszeniu całej okolicy. I kiedy wydawało się, że nic już nie zmusi Małgorzaty do naprawy swojego życia, zdarzył się straszny wypadek. Arseniusz podczas podróży został potajemnie zamordowany. Małgorzata przypadkowo znalazła jego zwłoki, do których doprowadził ją piesek Arseniusza.

To dramatyczne zdarzenie stało się punktem zwrotnym w życiu Małgorzaty. Zobaczyła, jak marne jest życie człowieka i co się z jego ciałem staje po śmierci. Nie było już piękne, młode i pożądane. Było dotknięte rozkładem i zapachem śmierci.

W ten sposób Bóg dał Małgorzacie szansę zrozumienia i naprawienia swojego życia. I Małgorzata zrozumiała głos Pana, a potem zapragnęła pokutować za swe grzechy.

Najpierw Małgorzata rozdała wszystkie swoje kosztowności i stroje. Potem powróciła do domu ojca i prosiła go o wybaczenie. Ojciec, kochający swoją córkę mimo jej błędów, wybaczył. Niestety, macocha była jeszcze gorsza niż poprzednio. Małgorzata, które ledwie skończyła 25 lat, opanowana duchem pokuty, cierpliwie znosiła wszystkie przykrości, których macocha jej nie szczędziła.

Jak szczera była wola nawrócenia Małgorzaty, świadczą łzy, jakie u stóp ojca wylewała, błagając go o przebaczenie za pohańbienie jego dobrej sławy. Noce spędzała na modlitwach, codziennie rozważała Mękę Pańską. W chwili największych pokus rzuciła się do figury Ukrzyżowanego, prosząc Boga o pomoc i łaski potrzebne do zwycięstwa nad „nieustannymi do złego nagabywaniami”. Wtedy Chrystus żywy stanął przed nią i ją pocieszył: „Nie trać otuchy ani odwagi, córko, jestem z tobą”.

Pewnego razu Małgorzata uklękła przed drzwiami kościoła ze stryczkiem na szyi i wszystkich wchodzących prosiła o wybaczenie i o modlitwę. Tego macocha nie zniosła. Z jej namowy ojciec wygnał Małgorzatę z domu.

Młoda kobieta spędziła całą noc w ogrodzie ojca. Była to najcięższa noc w jej życiu. Z jednej strony łaska Boża nakazywała jej pokutować na grzechy i wieść bogobojne życie. Z drugiej zaś szatan szeptał do ucha, że po co ma znosić takie upokorzenia, dosyć już się napokutowała, może wrócić do dawnego życia.

Głos Boga jednak zwyciężył w duszy przyszłej świętej. Rano udała się do Kortony, gdzie znalazła przytułek u pobożnych pań.

Nie była już teraz panią. Pracowała jako służąca, zarabiając w ten sposób na życie swoje i swojego syna. Pamiętając, co ją przywiodło do grzechu, a więc o swojej urodzie, nacierała twarz piaskiem, a włosy popiołem, żeby nie podobać się ludziom. Jadała tylko chleb i jarzyny, nie tykając nigdy mięsa ani ryb.

Poza pracą poświęciła się też posłudze chorym w tamtejszym przytułku. Spróbowała wstąpić do Trzeciego Zakonu św. Franciszka z Asyżu, jednak z powodu młodego wieku i niechlubnej przeszłości odmówiono jej przyjęcia. Małgorzata jednak była uparta. Pokutowała ciężko i zniosła wszystkie próby: poddawała się wszelkim możliwym umartwieniom, niemal nie jadała, sypiała na zimnej posadzce i sama zadawała sobie ból. Po trzech latach takiej próby, w 1277 r., pozwolono jej wstąpić do zakonu, w którym nadal wiodła żywot pokutnicy. Nazwano ją Magdaleną zakonu franciszkańskiego.

Gdy Małgorzata upewniła się, że Chrystus jej nie opuszcza, zaczęła ewangelizować innych. W 1286 r. założyła przytułek dla chorych i ubogich oraz zrzeszenie sióstr trzeciego zakonu. Udało się także założyć szpital w Kortonie dla chorych, biednych i opuszczonych.

Małgorzata tak bardzo pragnęła naprawić swoje grzechy, tak ciężko pokutowała i nawoływała innych do pokuty, że ściągali do niej grzesznicy pragnący nawrócenia nie tylko z Włoch, ale także z Francji, Hiszpanii i z wielu innych państw europejskich.

Małgorzata otrzymała od Boga nie tylko dar pokuty. Otrzymała także dar życia mistycznego: kontemplacji a nawet ekstaz i proroctw.

Chociaż pokutowała tak ciężko, chociaż tak bardzo pomagała innym, chociaż była mistyczką i miała objawienia, jednak poprzednie jej życie zawsze wracało do niej plotką i oszczerstwem. Źli ludzie do końca nie dali jej zapomnieć, kim była jako młoda dziewczyna. Ona jednak zawsze traktowała to jako jeszcze jeden element pokuty.

Św. Małgorzata, przedwcześnie wyniszczona ciężką pokutą, zmarła w Kortonie 22 lutego 1297 r., w wieku 50 lat, tak jak to wcześniej wyprorokowała.

Kiedy z okazji beatyfikacji otwarto trumnę ze szczątkami św. Małgorzaty, ciało jej okazało się nietknięte.

Św. Małgorzatę z Kortony beatyfikował w 1518 r. papież Leon X, a kanonizował w 1728 r. papież Benedykt XIII.

Jej relikwie znajdują się w ołtarzu głównym w kortońskim kościele ojców bernardynów (obserwantów).

W ikonografii św. Małgorzata przedstawiana jest jako tercjarka, z psem, z różańcem, z biczem, z powrozem, z trupią czaszką, z kamieniem lub ze smokiem.

Św. Małgorzata z Kortony jest patronką ludzi fałszywie oskarżonych, robotników sezonowych, ludzi bezdomnych, ludzi tracących rodziców, akuszerek, skruszonych kobiet, ludzi wyśmiewanych dla ich pobożności, nawróconych prostytutek, samotnych kobiet świeckich, tercjarek, włóczęgów; wzywana jest dla obrony przeciw pokusom, w pokusach seksualnych, w przypadkach obłąkania, chorób umysłowych i w problemach mentalnych.

Imię Małgorzata przybyło do nas aż z Persji, poprzez język grecki – margarites i łacinę – margerita, co znaczy „perła”.